As suas origens não são fáceis de determinar. José Palma Caetano refere que a reorganização ou remodelação da Casa da Misericórdia de Vila de Frades data de 1587.
Todavia, a primeira referência cronológica que encontramos nesse templo, mais concretamente na sacristia, remete-nos para o ano de 1643, embora desconheçamos as proporções das obras realizadas nesse preciso momento. Mesmo assim, é plausível que a Igreja tivesse sido construída entre os séculos XVI-XVII. A Irmandade da Santa Casa fundaria então, no actual Largo Fialho de Almeida, a Casa do Despacho e a Igreja da Misericórdia, esta construída em alvenaria de caio.
Sabemos que, em 1705, foi construído o púlpito de caixa de madeira pintada com elementos naturalistas, base quadrada, de mármore alentejano.
Na sua capela-mor, destaca-se o retábulo de talha dourada, talvez datado da primeira metade do século XVIII.
Para além do altar central, onde a imagem de Nossa Senhora das Graças, protectora das parturientes, reivindica evidente protagonismo, encontramos também um pequeno altar lateral.
O templo guardou ainda, pelo menos, no passado, esculturas antigas de madeira estofada e dourada: S. Bento (talvez criada no século XVII), S. Luís, bispo de Tolosa (também seiscentista), Santo António (imagem dos séculos XVII-XVIII), Nossa Senhora de Guadalupe (século XVIII) e Santa Maria Madalena (século XVIII). É possível que algumas destas esculturas tivessem pertencido anteriormente a outros templos da vila, antes de serem transferidas para a Igreja da Misericórdia.
Nesta mesma Igreja, ainda se pode observar um número, embora limitado, de sepulturas epigrafadas, todas elas lavradas em mármore.
Refira-se ainda que, neste lugar, se guardam também as bandeiras processionais da Irmandade da Santa Casa, pintadas a óleo sobre tela e compostas pelos tradicionais emblemas sacros, com alguma qualidade artística (séculos XVII-XIX).
Na década de 90 do século XX, decorreram trabalhos de recuperação geral do templo, incluindo a substituição das coberturas e dos pavimentos, para além da reparação de portas e janelas e remodelação da rede eléctrica.
Actualmente, abre sempre as suas portas no âmbito das festividades religiosas, nomeadamente na altura da Páscoa ou nas Festas em Honra de São Cucufate, o orago da Freguesia.
A inegável estética deste templo religioso é ainda um argumento utilizado para acolher interessantes exposições
Referências: José Palma Caetano - Vidigueira e o seu Concelho. 2º ed. Beja, Câmara Municipal da Vidigueira, 1994, p. 232; Túlio Espanca - Inventário Artístico de Portugal - Distrito de Beja, Lisboa, 1992; José Falcão e Ricardo Pereira, SIPA, www.monumentos.pt.